วิศณุ ทรัพย์สมพล รองผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร พร้อมด้วยต่อศักดิ์ โชติมงคล ประธานที่ปรึกษาของผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร แถลงความคืบหน้ากรณีการชำระหนี้โครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว โดยรองผู้ว่าฯ กทม. ได้สรุปเหตุผลที่ยังไม่สามารถดำเนินการชำระหนี้สินได้ สำหรับรถไฟฟ้าสายสีเขียว ส่วนต่อขยายที่ 1 นั้น กทม. ไม่ใด้มีเจตนาจะไม่ชำระหนี้เนื่องจาก กทม. ได้มีการสนับสนุนค่าบริการเดินรถและซ่อมบำรุงมาตลอดจนถึงเดือน เม.ย.62 จนกระทั่งมีคำสั่ง คสช. เมื่อวันที่ 11 เม.ย. 2562 ที่ให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินโครงการ และได้มีการเจรจาให้ เอกชนรับภาระค่าจ้างเดินรถของส่วนต่อขยายที่ 1 ตั้งแต่ พ.ค. 2562 (ระบุไว้ในร่างสัญญาร่วมทุน) ด้านมูลค่าหนี้ขณะนี้อยู่ในระหว่างการอุทธรณ์ค่าดอกเบี้ยเนื่องจาก กทม. ไม่มีเจตนาจะไม่ชำระหนี้ และสัญญาที่ กทม. ทำกับกรุงเทพธนาคาร (KT) ไม่ได้มีการกำหนดอัตราดอกเบี้ยไว้ นอกจากนี้ กทม. เห็นว่า KT ควรมีการจ้างที่ปรึกษาทางการเงินเพื่อตรวจสอบ คิดคำนวณค่าจ้างใหม่ให้ถูกต้องตามความเป็นจริงซึ่งอาจทำให้ยอดหนี้เปลี่ยนไปไม่ตรงกับที่เอกชนฟ้อง และหากมีการดำเนินการครบถ้วนและมีข้อยุติการต่อสัมปทานจาก ครม. แล้วก็สามารถชำระหนี้ได้

สำหรับส่วนต่อขยายที่ 2 บันทึกมอบหมายยังไม่สมบูรณ์เนื่องจากยังไม่ได้รับการอนุมัติงบประมาณจากสภากรุงเทพมหานคร กทม. ไม่ได้มีการทำนิติกรรมโดยตรงกับ เอกชน มีเพียงการทำบันทึกมอบหมายให้กับ KT เท่านั้น นอกจากนี้ในบันทีกข้อตกลงมอบหมายข้อที่ 133 ยังมีการระบุไว้ว่า "บันทึกข้อตกลงนี้ไม่มีผลทำให้บริษัท"(KT) เป็นตัวแทนหรือลูกจ้างของกรุงทพมหานคร" ซึ่งในส่วนนี้ต้องดำเนินการให้ครบถ้วนตามข้อบัญญัติของ กทม. และต้องผ่านการพิจารณาของสภากรุงเทพมหานครด้วย

รองผู้ว่าฯ กทม. กล่าวย้ำว่า กรุงเทพมหานครไม่มีเจตนาที่จะชะลอการชำระหนี้ให้แก่บริษัทเอกชน แต่มีข้อสังเกตคือบันทึกมอบหมายยังไม่สมบูรณ์ เนื่องจากลงนามมอบหมายในวันที่ 28 ก.ค.59 โดยที่ยังไม่ได้มีการทำโครงการเสนออนุมัติงบประมาณจากสภา กทม. ซึ่งในปี 2561 สำนักการจราจรและขนส่ง กทม. ได้เสนอขอจัดสรรงบประมาณในการชำระหนี้ค่าเดินรถเข้าที่ประชุมสภา กทม. ครั้งที่ 1 เมื่อปี พ.ศ. 2561 เพื่อขอจัดสรรงบประมาณโครงการติดตั้งระบบเดินรถและบริหารจัดการเดินรถระบบขนส่งมวลชนสายสีเขียว ระยะเวลาดำเนินการ 15 ปี (2561-2575) วงเงินรวม 31,988,490,000  บาท (เป็นเงินงบประมาณ กทม. 12,000,000,000 บาท และเงินนอกงบประมาณ 19,988,498,000 บาท) โดยปี 2561 ตั้งงบประมาณจำนวน 1,000,000,000 บาท เสนอต่อสภากรุงเทพมหานคร สภากรุงเทพมหานครได้มีการพิจารณางบประมาณรายจ่าย ประจำปี พ.ศ. 2561 แต่โครงการดังกล่าวไม่ได้ถูกรับการพิจารณาและบรรจุอยู่ในร่างงบประมาณดังกล่าว

และเมื่อปี 2564 สำนักการจราจรและขนส่ง ได้เสนอขอจัดสรรงบประมาณในการชำระหนี้ค่าเดินรถเข้าที่ประชุมสภา กทม. โดยเสนอสำนักงบประมาณเพื่อขอจัดสรรงบประมาณในการชำระหนี้ค่าจ้างเดินรถและซ่อมบำรุงของโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว ส่วนต่อขยาย 1 และส่วนต่อขยาย 2 จำนวนเงิน 9,246,748,339 บาท โดยได้จัดทำเป็นร่างข้อบัญญัติกรุงเทพมหานคร เรื่อง งบประมาณรายจ่ายเพิ่มเติมประจำปี งบประมาณ พ.ศ. 2564 (ฉบับที่ ...) พ.ศ... เสนอสภากรุงเทพมหานคร

โดยที่ประชุมสภากรุงเทพมหานครเมื่อวันที่ 21 เม.ย. 2564 ได้พิจารณาร่างข้อบัญญัติฯ และมีมติไม่เห็นชอบให้ กทม. จ่ายขาดเงินสะสม เนื่องจากไม่เข้าหลักเกณฑ์ ตามข้อ 12 แห่งข้อบัญญัติ กทม. เรื่อง เงินสะสม(ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2564 และสภา กทม. มีข้อเสนอให้ กทม. ขอรับการสนับสนุนงบประมาณจากรัฐบาล หรือให้ใช้วิธีให้เอกชนรับภาระและให้ประโยชน์ตอบแทนในรูปสัมปทานเดินรถ หากไม่สามารถดำเนินการตามข้อเสนอควรส่งโครงการดังกล่าวคืนให้ รฟม.

ทั้งนี้ ขณะที่อยู่ระหว่างดำเนินการวันที่ 11 เม.ย. 2562 คสช. ได้มีคำสั่งตามมาตรา 44 ที่ 3/2562 เรื่อง การดำเนินการโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว เพื่อให้การเดินรถเป็นไปอย่างต่อเนื่องเป็นโครงข่ายเดียวกัน (Through Operation) โดยให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นชุดหนึ่งเพื่อกำหนดหลักเกณฑ์การแบ่งปันผลประโยชน์จากค่าโดยสาร เจรจากับผู้รับสัมปทานรายเดิม และจัดทำร่างสัญญาร่วมลงทุน พร้อมทั้งแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินเป็นการโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว 

วันที่ 20 ส.ค. 2562 ครม. มีมติรับทราบผลการเจรจาและร่างสัญญาและร่วมลงทุนโครงการฯ และให้กระทรวงการคลังเสนอความเห็น และระหว่างวันที่ 17 พ.ย.63-22 ก.พ.65 กทม. และกระทรวงมหาดไทยทำการจัดเตรียมข้อมูลเพิ่มเติมให้กับหน่วยงานต่างๆ เพื่อประกอบการนำเสนอ ครม.

วันที่ 13 มิ.ย. 2565 กระทรวงมหาดไทยมีหนังสือแจ้ง กทม. ขอทราบแนวทางการดำเนินโครงการเนื่องจากมี ผว. กทม. และสภา กทม. ชุดใหม่ วันที่ 3 พ.ย. 2565 ผว.กทม. มีหนังสือตอบกลับ มท. โดย 1) เห็นพ้องกับนโยบาย Through Operation ให้รัฐบาลสนับสนุนงบประมาณสำหรับโครงสร้างพื้นฐานและงานติดตั้งระบบการเดินรถ 2) เห็นควรที่จะเดินโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียวตาม พ.ร.บ. ร่วมทุน 2562 และ 3) การหาข้อยุติของ ครม. ตามคำสั่ง คสช. จะทำให้เกิดความชัดเจนในการดำเนินงาน